Das Projekt Jäger 90 ist seit langem heftig umstritten, ähnlich wie seinerzeit die "Tornado"-Entwicklung. Die Gründe für eine ablehnende Haltung reichen von finanziellen Unwägbarkeiten über die Vorteile unbemannter bodengestützter Luftverteidigung bis hin zu abrüstungspolitischen Bedenken.
Aber Militär und Bundesregierung sehen nach wie vor keine Alternative zum Jäger 90. Dabei werden die Argumente für dieses ungebrochene Festhalten an dem Projekt immer peinlicher, etwa, wenn der Inspekteur der Luftwaffe, General Horst Jungkurth, sich auf die Behauptung zurückzieht, fast alle anderen NATO-Partner - und sogar die neutrale Schweiz - hätten mit Blick auf die 90er Jahre neue Jagdflugzeuge in Arbeit, ähnlich argumentiert auch Bundesverteidungsminister Gerhard Stoltenberg. Mit Beginn des Jahres 1990 hat sich die Diskussion um das Projekt Jagdflugzeug 90 erheblich verschärft.
Insbesondere in der FDP scheiden sich die Geister. Kurz vor Weihnachten 1989 sagte die FDP-Fraktion bei einer namentlichen Abstimmung mit Ausnahme von zwei Abgeordneten noch deutlich "Ja" zur Entwicklung des Jägers. Einige Wochen später forderte sie das "Aus". Die FDP-Fraktion wollte nun - diesen Eindruck mußte jeder Beobachter Anfang des Jahres 1990 gewinnen - auf den Jäger 90 verzichten.